Avogadro

Avogadro est un logiciel conçu pour les scientifiques, permettant d'avoir un aperçu global d'une molécule ou d'en créer.

Avogadro permet aux scientifiques non seulement de visualiser une molécule mais aussi de procéder à son édition. Plus précisément, son utilité se révèle en modélisation moléculaire, en chimie numérique, en science des matériaux, en bio-informatique et dans les sciences similaires. Avec ce logiciel, l'utilisateur a la possibilité de visualiser une molécule sous tous les angles et dans toutes les perspectives possibles; et donc en 3D. L'élément le plus appréciable au niveau de ce logiciel est sa robustesse en tant que système et son rendu très flexible.

En outre, plusieurs types de fichiers moléculaires sont supportés par Avogadro. Son système de fonctionnement est également remarquable. Pour concevoir une molécule, vous pouvez faire l'édition atome par atome tout simplement. Le système prend en charge l'agencement de ces atomes pour former la molécule selon la structure adéquate en faisant un calcul des champs de force. L'objectif du logiciel est de faciliter en fait le plus possible la manipulation moléculaire. La facilité de son utilisation fait que même si vous n'êtes pas scientifique, vous pouvez concevoir une molécule. Il suffit d'utiliser votre souris pour s'amuser en agençant les atomes les uns sur les autres. Leurs différentes couleurs donnent un bel aperçu. Une bonne ergonomie caractérise en effet l'interface de travail de ce logiciel. Ainsi, un scientifique universitaire comme un simple élève du collège peut s'y retrouver et obtenir satisfaction.

Pour la visualisation, plusieurs options et fonctionnalités sont prévues. A titre illustratif, vous pouvez afficher le nom des différents atomes, la distance qui les sépare, les angles de leur structure et d'autres informations. Outre l'option de visualisation, il y a également les iso-surfaces, les fils de fer, les bâtonnets, les sphères, etc. Et pour la conception, il n'y a pratiquement pas de limite en ce qui concerne le nombre de liaisons dans la structure moléculaire, le nombre d'éléments dans une boîte, etc. Pour les élèves et les lycéens, c'est d'ailleurs une belle opportunité pour mieux assimiler la géométrie des molécules grâce aux champs des forces calculés par le logiciel. En sus, les structures cristallographiques peuvent être bien illustrées sur Avogadro.

Les codeurs et développeurs seront également bien satisfaits par Avogadro d'autant plus qu'ils ont la possibilité d'ajouter des plugins pour faire l'extension. Avogadro est un logiciel basé sur Open Babel et ses développeurs nous annoncent que les prochaines versions intégreront des fonctions supplémentaires.

POINTS FORTS

• Logiciel avec une bonne ergonomie
• Facile d'utilisation
• Beaucoup d'options disponibles
• Un des seuls logiciels de visualisation permettant aussi de construire des molécules
• Possibilité d'ajouter des plugins

BEMOLS

• Comme la plupart des logiciels du genre, on enregistre des bugs et des dysfonctionnements